新鮮的羊肚菌十分脆弱，但因其表面凹凸不平，常含有泥沙，會造成清洗的困難。清洗時應先將新鮮的羊肚菌放入干凈的容器內。向容器內倒入適量的清水或溫度較低的涼白開。順著同一個方向輕輕地攪拌、打圈。這樣便可將羊肚菌表面孔內地臟物都清洗出來。反復清洗2~3次后即可將羊肚菌清洗干凈。