用清水過濾：用過的蛋白棉可以重復利用，好比空氣用甲醛包，定期拿到陽光下曬，就可重復使用；蛋白質里的雜質比較多，使用后最好先放在清水中浸泡、洗一下，去除一些黃水和大雜質。用高濃度鹽水浸泡：蛋白棉初步清洗后，將蛋白棉放于清水中，多加些鹽浸泡；隨著浸泡水會變黃，而蛋白棉本身會逐漸恢復白色。用清水再次過濾：蛋白棉的黃色水被浸泡出來，還要放于自來水龍頭后，用清水繼續清洗、揉搓一下，直至完全變白、變干凈。放于陽光下暴曬：蛋白棉最好多買幾盒，輪流替換使用，用過的蛋白棉經清洗后，若暫時不用，可放在陽光下暴曬，直至完全干透，防止發霉，準備下一次使用。在暴曬過程中，要定期翻動，讓其徹底曬干。用無水酒精浸泡：浸泡蛋白棉也可以用無水酒精浸泡，大概浸泡四個小時，黃水便可出來了；浸泡后，照樣用清水洗凈、晾干、曬干，待用。檢查網兜有無破損：在浸泡清洗過程中，網兜可能會破損，所以需要注意檢查，在再次放進魚缸里時，要確保沒有破損，否則魚兒吃進蛋白棉，會引起消化不良，甚至死亡。