短期適宜冷藏，長期適宜冷凍。吃不完的榴蓮最好放入冰箱低溫保存，一般放在冷藏室保鮮要保留榴蓮的外殼，可以更好避免細菌滋生，防止榴蓮味道的損失。但保存時間不如冷凍長，只能放3天左右。而將榴蓮肉剝出來，然后放在保鮮盒內冷凍，可以存儲3個月之久。冷藏鮮甜軟糯保留原味，冷凍軟棉冰涼似有冰激凌口感。放冰箱冷藏的榴蓮雖然存放時間沒有冷凍榴蓮那么長，但可以保留榴蓮原本的軟糯味道，適合喜歡吃榴蓮原味的人存放；而部分人喜歡吃凍榴蓮那種先硬后軟爽滑的冰激凌口感，可將榴蓮放入冷凍室保存，食用口感也別具風味。