1、來源不同：它們是不同植物的種子，白南瓜子是來源于蒙古特產雪片瓜；黑南瓜子則來源于蘭州籽瓜。2、成熟季節不同：白南瓜子多在夏天成熟；黑南瓜子則多在秋天成熟。3、顏色不同：白南瓜子個頭大，外表顏色為白色，種仁扁平；而黑南瓜子的外表則多為暗黃色，個頭較小，種仁比較厚，看上去圓鼓鼓的。