內部化學反應導致變色：其內部物質在不利的保存條件下氧化，產生了化學反應，氧化后導致變色和產生怪味，這是由于保存不當，因此產生的發霉現象。微生物污染：冬蟲夏草在采摘、運輸、儲存、銷售過程中，容易被微生物污染。加上長期放置，在適當溫度下微生物就會繁殖增長，吃掉冬蟲夏草的營養，破壞其蛋白質。酶的分解：冬蟲夏草中有多種酶，在不利的保存條件下，酶會將冬蟲夏草中的營養分解為低級產物，使冬蟲夏草失去原有的營養成分，其功效也大打折扣，所以保存冬蟲夏草，一定要防止潮濕、高溫或者與微生物接觸的環境。