二者均選配Mali-G78圖形圖像處理器，只不過麒麟9000采用的是24核心版本，而麒麟9000E則為22核心。麒麟9000的NPU部分采用2個大核+1個微核的組合，麒麟9000E則為1個大核+1個微核的組合。總體來看，麒麟9000E就是麒麟9000的“青春版”，CPU、基帶、ISP等都未做調整，主要是GPU和NPU做了變動。不過， 搭載麒麟9000E的華為Mate40標準版在國內并未主推，大家能搶到的，直接就是搭載麒麟9000的Mate 40 Pro了。