1、法律規定不同：國食健字依據的是2005年國家食品藥品監督管理局頒布的《保健食品注冊管理辦法（試行）》中第33條規定。國食健注依據的是2016年國家食品藥品監督管理局頒布的《保健食品注冊與備案管理辦法》中的第43條規定。2、適用產品不同：國食健字適用于2005-2016年注冊的保健品。國食健注是2016后注冊的保健品。3、格式不同：國食健字格式為國食健字G+4位年代號+4位順序號，和國食健字J+4位年代號+4位順序號。國食健注格式為國食健注G+4位年代號+4位順序號。