文昌魚作為脊索動物門，頭索動物亞門幸存物種，是無脊椎動物演化至脊椎動物過渡典型的活標本。自1774年Pallas發現文昌魚以來，它一直受到動物學界重視，是研究包括人類在內的脊椎動物起源與進化的極其珍貴的模式動物。