1、存在時間不同：理藩院存在于清朝，宣政院存在于元朝。2、功能不同：理藩院是清朝統治新疆、回部、西藏等少數民族的最高權力機構，也管轄部分外交事務。宣政院是掌管全國佛教事宜和藏族地區的軍務事務機構。3、機構設置不同：理藩院設六司，分掌爵祿、朝貢、定界、官制、兵刑、戶口、耕牧、賦稅、驛站、貿易、宗教等政令。宣政院下設同知、副使、參議金院各二人。