目的不同：自然選擇是使動物更加適應自然條件；而人工選擇則使家畜更有利于人類。方向不同：自然選擇有利于性能中等但適應強的個體；人工選擇則有利于符合人類某些極端性能表現的個體。作用的性狀不同：自然選擇主要作用于適應性性狀，如繁殖力，成活率等；而人工選擇則主要考慮經濟性狀。選擇的進展不同：自然選擇的速度很慢，選擇進展很小；而人工選擇的速度很快，選擇進展較大。