1、介質不同：油性馬克筆不能溶于水，而是溶于酒精，當筆干掉了，可以用注射器吸取少量酒精注射到馬克筆里即可繼續使用。水性馬克筆能溶于水，干了就加水。2、效果不同：油性馬克筆色彩柔和、揮發快，干后顏色會變淡。水性馬克筆顏色鮮艷、筆觸清晰，多次覆蓋后色彩變渾濁，但是干了之后不易變色，穩固性非常好。3、適合畫紙不同：油性馬克筆對畫紙的滲透力比較強，所以描圖紙或者硫酸紙比較適合它，一般用于室內透視圖的繪制，在塑料材質上畫不容易擦掉。水性馬克筆通常用于在較緊密的卡紙或銅版紙上作畫，用來畫人物較好，在塑料材質上畫很容易擦掉。