魚的呼吸主要依靠它的鰓，當水流從口中進入，經過鰓排出的時候，鰓絲內密布的微血管就會進行氣體交換，從而獲得氧氣。不過除了魚鰓之外，還有一些魚類可通過輔助呼吸器官進行呼吸，有的可用皮膚呼吸，如彈涂魚；有的則用腸道呼吸，如泥鰍；還有的用類似肺的魚鰾呼吸，如非洲肺魚。