1、外觀不同：三斑海馬的體側背方第1、4、7節各有一個大黑斑，因此得名，普通海馬沒有斑點。2、分布區域不同：三斑海馬分布在東印度洋、西太平洋的大部分地區，普通海馬分布在大西洋、歐洲、太平洋、澳大利亞。3、體型不同：三斑海馬的體型較大，普通海馬的體型比較小。