顯微鏡上的光圈是在載物臺背面上的孔，轉動就可以調光圈的大小，調節光進入顯微鏡的多少，即是觀察細胞時亮度的調節。大光圈是能讓更多的廣透過顯微鏡，在光線比較暗的時候用。小光圈是在比較亮的地方，或者看細胞中深色細胞器時用的，目的是減少光線。