黃花菜的花蕊不能吃，它的花蕊中含有叫做秋水仙素的毒素，摘掉花蕊后的鮮黃花菜同樣也含有這種毒素。秋水仙素在鮮黃花菜中的含量很高，每１００克鮮黃花菜中含０．１到０．２毫克秋水仙素，一次性食用１００克以上的鮮黃花菜就能引發中毒癥狀。于整朵鮮黃花菜來說，秋水仙素含量最高的地方就是花蕊，所以有人認為鮮黃花菜摘去花蕊就可以放心食用。其實，花蕊中的秋水仙素濃度雖然最高，但由于它和花瓣的質量相差很多，整朵鮮黃花菜的秋水仙素只有４０％存在花蕊中，剩下的６０％存在花瓣中。