軍曹魚營養豐富，含有不少水分、優質蛋白質、碳水化合物，以及不飽和脂肪酸、膽固醇。當中還含有豐富的維生素，主要包括維生素A、維生素E、以及硫胺素、煙酸等微量元素。另外，還含有鈣、鐵、鋅、鉀、硒、鎂、磷、錳、銅、鈉等多種礦物質元素。