電影《新哥斯拉》講述了東京灣·羽田海域，忽然，東京灣跨海公路發出轟然巨響，海水倒灌，隧道崩塌。首相官邸旋即召集閣僚召開緊急會議，眾人推測隧道崩塌是因地震或海底火山爆發等自然現象所引起的，而內閣官房副長官矢口蘭堂（長谷川博己飾）卻提出了海中棲息著未知巨大生物的可能性，以內閣總理大臣助理赤坂秀樹（竹野內豐飾）為首的眾人對此意見僅是付之一笑。但是未過多久，一頭巨大不明生物現身于海上，由鎌倉登陸，一路不斷破壞前進。由于事發突然，驚慌失措的日本政府立即設立緊急對策總部并發令出動海上自衛隊，抵御這只以哥斯拉”命名的巨大生物。美國國務院也派遣總統特使加代子·安·派特森（石原里美飾）前來。面對這場前所未有的浩劫，人類將作何選擇