1、法律依據不同：國有獨資企業遵循《全民所有制企業法》，國有獨資公司遵循《公司法》。2、管理體系不同：國有獨資企業由政府出資，隸屬于政府，實行政府任命或職工選舉并經政府審核同意的廠長（經理）負責制，注重隸屬關系；國有獨資公司是以歸屬清晰、權責明確、保護嚴格、流轉順暢的現代產權制度為指引，建立明確的以資產為紐帶的現代國有產權管理體系。3、治理結構不同：國有重點大型企業監事會由派出，對負責，代表國家對國有重點大型企業的國有資產保值增值狀況實施監督。一般的國有企業董事會則由同級政府派出。國有獨資公司監事會由國有資產監督管理機構委派。4、管理者角色不同：國有獨資企業的廠長（經理）是上級任命的，是企業法定代表人，在企業生產經營中處于中心地位。國有獨資公司總經理是由董事會聘任，對董事會負責，根據董事會的決策，對企業的日常經營管理工作負全面的責任，董事會與總經理之間是一種聘用關系（委托代理關系）。