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如何讀懂全基因檢測報告(基因檢測報告怎么讀)

發布時間:2024-01-22閱讀(10)

導讀“你認識自己嗎?”這個問題,聽起來有點傻吧,照照鏡子,誰都能認得這張再熟悉不過的臉,但更深層次呢?你認識自己嗎?當然,我們不是一個都市雞湯號,我們暫不討論心....

“你認識自己嗎?”

這個問題,聽起來有點傻吧,照照鏡子,誰都能認得這張再熟悉不過的臉,但更深層次呢?你認識自己嗎?

當然,我們不是一個都市雞湯號,我們暫不討論心靈的健康與自我價值的實現……今天,我們要探索的自我,不是一個65kg的自我,或一個165cm、178cm的自我,而是一個枯燥但神秘、容量3個G的“自我”。

前些年,有一家叫做23 and me的公司在國外特別火,只要將你的一口唾沫和99美元寄給這家公司,你就能知道自己祖先的起源:純正的漢族?五代以上有蒙古先人?奇妙的0.1%歐洲血統?……

不過,這種檢測更多是為了有趣,真正“有關23”的檢測可比這要復雜得多得多得多,接下來,就讓我們一起來燒燒腦,了解一下基因檢測的進階版:

全外顯子組測序

全外顯子組測序,是什么?

我們知道,正常人有23對(46條)染色體,一半來自父親,一半來自母親。而基因就是這些染色體上的一段序列。科學家發現,全部人類基因組約有39000多個基因,大小約為3個G。

如何讀懂全基因檢測報告(基因檢測報告怎么讀)(1)

如何讀懂全基因檢測報告(基因檢測報告怎么讀)(2)

這部分比較簡單,主要記錄了檢測對象的基本信息。并告訴我們檢測的項目和方法(全外顯子組測序)。患者收到報告后可以核對信息是否正確。

主要檢測結果

敲黑板,這部分很重要!全外顯子組共檢測人類的25000多個基因。在和標準基因組序列比對后,我們會發現每個人都攜帶了成千上萬的變異。

但并不是只要有變異就是有害的,也不是所有的變異都和疾病有關。這里的檢測結果是遺傳分析人員經過大量篩選分析后,挑選出來和患者的臨床表現較為相關的幾個基因。還需要強調的是,判定一個變異的致病性需要臨床醫生結合患者的表現具體分析,列在這里的基因并不一定就是致病基因,采集家屬的血樣進行檢測,作為分析的對照也很重要。

01

基因 / 轉錄本

如何讀懂全基因檢測報告(基因檢測報告怎么讀)(3)

基因:即基因的名字,如“SCN1A”

轉錄本:在這個報告里,是“NM_006920.4”。轉錄本是比較專業的名詞,通俗地說,DNA產生mRNA(信使RNA),然后在合成蛋白質時,mRNA就是合成的模板,通過它來翻譯出蛋白質。轉錄本就是一個mRNA的“身份證”。根據這個編號,專業人員就能知道對應的是哪個mRNA。

如何讀懂全基因檢測報告(基因檢測報告怎么讀)(4)

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基因的轉錄與翻譯,感興趣的可以看看哦。

02

“基因亞區”和“突變信息”

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主要為了說明突變的具體位置。具體的就交給專業人員看吧。

03

“突變類型”和“遺傳方式”

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隱性遺傳?顯性遺傳?雜合突變?……

這些名詞是不是“好像有聽過,但并不記得是什么意思?"那接下來,就是高中生物的補習時間:

常染色體隱性遺傳(AR):致病基因位于常染色體上,基因性狀為隱性,需要兩條染色體均發生突變才會致病。

如何讀懂全基因檢測報告(基因檢測報告怎么讀)(8)

常染色體顯性遺傳(AD):致病基因在常染色體上,基因性狀為顯性,只需要1條染色體上攜帶突變就會致病。

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04

致病性分類

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致病性分類是根據美國醫學遺傳學和基因組組學學院制定的指南來分級的。共有5個等級:

致病的(pathogenic)

可能致病的(likely pathogenic)

臨床意義未明確的(VUS)

可能良性的(likely benign)

良性的(benign)

對變異進行致病等級的劃分可以幫助醫生和患者了解這個變異與疾病是否相關。

在報告中,前三類較為常見,如果看到致病的,或者可能致病的,那很有可能是找到了致病基因,但仍需有經驗的臨床醫生進一步評估。這個等級的劃分是軟件根據指南自動打分給出的結果,是可以變化的。如果后續增加新的證據,如通過家屬血液樣本檢測給出的證據,突變的致病等級就需要臨床醫生根據指南再評估。

05

疾病 / 表型

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即對應的基因會導致的疾病名稱,該疾病具體的臨床表現在“結果說明”欄目可以看到。

06

RS號

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RS號:這是科學家給已發現的單核苷酸變異(SNP)的一個身份標識。遺傳分析人員可以通過RS號在數據庫里查詢關于該變異的更多信息。

文獻:可以提示是否已有相關的文獻報道該突變位點。

結果說明

如何讀懂全基因檢測報告(基因檢測報告怎么讀)(13)

這一部分是對“主要檢測結果”的進一步說明,如突變位點的人群頻率信息。

1000Genoms數據庫、ExAC數據庫、gnomAD數據庫都是常用的人群數據庫,如果突變位點在人群中的頻率高于5%,則可作為良性變異的獨立證據。反之,在人群中突變頻率越低則有害的可能性越大。

SIFT軟件、Polyphen-2軟件、MutationTaster軟件等錯義突變軟件,可根據錯義突變影響蛋白的結構、保守性等預測突變位點對蛋白功能的破壞作用。軟件的預測可以作為分析突變致病性的支持證據。Damaging意為有害的。對于基因所對應的疾病,這部分也有較為詳細的描述。

附錄一:檢測基因列表

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這里密密麻麻的,列的是本次全外檢測的基因。

附錄二:測序數據質控

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這部分用以說明本次測序的質量。目標區域覆蓋度能達到99%以上是測序質量合格的一個指標。

附錄三:一代測序驗證

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全外顯子組測序是二代測序,測序準確性較高,假陽性率大約為0.01%。為了保證結果的可靠性,我們會對懷疑的突變進行sanger測序,以驗證突變的真實性。

全外顯子組測序的局限性

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任何檢測方法都有自身的優勢和局限性,全外顯子測序也不例外。

常常有患者問:做了全外顯子檢測是不是把和遺傳相關的病因都查了?

全外顯子組測序確實相對全面,囊括了非常多的基因,主要篩查的是基因的點突變和小的插入缺失突變。但由于遺傳突變的復雜性,也難免有漏網之魚,如大片段的缺失重復,動態突變等等。這些需要臨床醫生結合患者的病情,在有需要的情況下,運用其他的檢測手段來發現。

數據分析

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這部分給出了獲得原始測序數據以后,數據分析的流程。內容比較專業,感興趣的朋友可以自己了解。

文獻

如何讀懂全基因檢測報告(基因檢測報告怎么讀)(19)

如果發現的突變已有相關文獻報道,則會在下面列出相關文獻。但文獻更新較快,可能存在已有文獻報道但尚未寫入報告的情況。

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