個人所得稅按照扣除社保、公積金以及個稅稅款前的應發工資，計算繳納個人所得稅。工資薪金所得屬于綜合所得范疇，綜合所得按年計算，按月或按次預繳，次年3月1日至6月30日辦理匯算清繳。員工取得的工資薪金所得，由任職受雇單位在支付工資時，為其預扣預繳稅款，稅款的計算按照應發工資計算。

應發工資又稱為“稅前工資”，是扣除員工個人承擔三險一金、個人所得稅稅前工資。扣繳義務人在為員工申報個稅時，是按照應發工資進行申報，并非以工資條中扣除扣款項目（包括三險一金以及個稅稅款）后的實發工資進行申報。

工資條中的應發工資一般包括基本工資、加班工資、獎金提成以及各種津貼補貼。在發放的各種津貼補貼中，比如通訊補貼，交通補貼某些地區規定了一定的扣除標準，標準以內的免征個人所得稅，超過標準的部分才需要并入工資薪金所得繳納個人所得稅，這里的扣除標準國家并沒有統一的規定，屬于地方性政策。再比如按照實際誤餐頓數計算的誤餐補助，出差發放的差旅費津貼（出差補助）不征收個人所得稅，而這些津貼補貼實務中會放在工資條應發工資項目中，但由于某些優惠政策，這些津貼補貼中某些無需并入工資薪金所得申報個稅，所以就會導致企業為員工申報的工資并非完全等同于工資條中的應發工資的情況。

任職受雇單位為其員工辦理全員預扣預繳申報，預扣預繳稅款的計算采用累計預扣法。累計預扣法是指扣繳義務人在一個納稅年度內預扣預繳稅款時，以納稅人在本單位截止當前月份工資薪金所得累計收入減除免稅收入、累計減除費用、累計專項扣除、累計專項附加扣除和累計依法確定的其他扣除后的余額為累計預扣預繳應納稅所得額，適用個人所得稅工資薪金所得預扣率表，計算應預扣預繳的稅款。

本期應預扣預繳稅額=（累計預扣預繳應納稅所得額×預扣率-速算扣除數）-累計減免稅額-累計已預扣預繳稅額

其中，累計預扣預繳應納稅所得額=累計收入-累計免稅收入-累計減除費用-累計專項扣除-累計專項附加扣除-累計依法確定的其他扣除

累計收入即本年度截止本月在本單位任職受雇所取得的累計收入，比如4月份實際發放工資，5月15日前申報的累計收入（以老員工為例）為1——4月份的應發工資之和。

累計減除費用=5000元/月×當年截止本月在本單位的任職受雇月份數；專項扣除指個人承擔的三險一金；專項附加扣除包括子女教育、3歲以下嬰幼兒照護費、繼續教育、贍養老人、住房租金或住房貸款利息支出，大病醫療也屬于專項附加扣除，不過在預繳稅款時不得享受，要等到匯算清繳時才可以稅前扣除。(www.wS46.com)

納稅人同時從兩處或兩處以上取得工資薪金所得，并由扣繳義務人減除專項附加扣除的，對同一專項附加扣除項目，在一個納稅年度內只能選擇從一處取得的所得中扣除，不可重復扣除。

工資薪金所得屬于綜合所得范疇，并入綜合所得時，按照工資薪金所得的100%并入綜合所得收入總額，這里的工資薪金所得也是申報的應發工資數額。