有限合伙企業與法人企業相比，涉及繳納的稅種區別主要在所得稅，有限合伙企業不具有獨立法人資格，無需在企業層面繳納企業所得稅，由合伙人按照生產經營所得繳納個人所得稅。其他稅種方面基本無差別，主要涉及增值稅、城建稅、教育費附加以及地方教育費附加，涉及其他稅種征稅范圍的，按相關稅種規定計算繳納相關稅款，比如屬于消費稅應稅項目的需要繳納消費稅，涉及印花稅應稅憑證的，需要繳納印花稅。

有限合伙企業是合伙企業的一種，由普通合伙人和有限合伙人組成，普通合伙人對合伙企業的債務承擔無限連帶責任，有限合伙人以其認繳的出資額為限對合伙企業債務承擔有限責任。

合伙企業不具有獨立法人資格，不屬于企業所得稅的納稅義務人。有限合伙企業發生經營業務，主要涉及繳納增值稅，附加稅費（城建稅、教育費附加及地方教育費附加）以及生產經營所得個人所得稅，其他稅種，不具有統一性，發生相關稅種應稅項目的（發生相關稅種納稅義務），則繳納相關稅種即可。

增值稅方面，有限合伙企業也區分為一般納稅人和小規模納稅人。一般納稅人適用一般計稅方法，應納增值稅稅額為當期銷項稅額減去進項稅額后的差額，當期銷項稅額為不含稅銷售額與適用征收率的乘積。根據應稅銷售行為不同，增值稅稅率分為13%、9%、6%以及零稅率，比如合伙企業是從事法律咨詢服務，則適用6%稅率。

小規模納稅人適用簡易計稅方法，應納增值稅稅額為不含稅銷售額與適用征收率的乘積。征收率分為3%和5%兩檔。根據《財政部 稅務總局關于明確增值稅小規模納稅人減免增值稅等政策的公告》（財政部 稅務總局公告2023年第1號）規定，自2023年1月1日至2023年12月31日，對月銷售額10萬元以下（含本數）的增值稅小規模納稅人，免征增值稅。同時，自2023年1月1日至2023年12月31日，增值稅小規模納稅人適用3%征收率的應稅銷售收入，減按1%征收率征收增值稅。

附加稅費（城建稅、教育費附加及地方教育費附加）以實際繳納的增值稅稅額為計稅依據。城建稅稅率為7%、5%或1%，教育費附加費率為3%，地方教育費附加費率為1%。

有限合伙企業企業層面不涉及繳納企業所得稅，以每個合伙人為納稅義務人，按照“先分后稅”的原則，計算每個合伙人分配的應納稅所得額。合伙人為自然人的，按照生產經營所得繳納個人所得稅，適用3%——35%，合伙人是法人或其他組織的，繳納企業所得稅，需要注意合伙人是法人或其他組織的，合伙人在計算其繳納企業所得稅時，不得用合伙企業的虧損抵減其盈利。