總分支機構不在同一縣（市）的，其增值稅，企業所得稅，個稅，城建稅及附加等不同稅種分別應該如何處理，不同稅種可以一概而論，就地繳納或者匯總到總機構所在地統一繳納嗎？

因為各個稅種具體規定不同，對于不同稅種，中央和地方的分配也不同，所以對于總分支機構不同稅種的稅務處理，我們要分開具體來看。

一、總分公司增值稅稅務處理（一般屬地繳納，經批準可匯總繳納）

對于增值稅，總分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。

注意：總分支機構（不在同一縣市）之間移送貨物，增值稅視同銷售。

二、城建稅，教育費附加及地方教育費附加（同增值稅處理）

因為城建稅，教育費附加及地方教育費附加是以實際繳納的流轉稅為計稅依據，其具體稅收繳納同增值稅，增值稅就地繳納，城建稅及附加稅也就地納稅。

(www.ws46.com)

三、企業所得稅（統一計算→分級管理→就地預繳→匯總清算→財政調撥）

居民企業在中國境內跨地區經營繳納企業所得稅，按照統一規范，兼顧總分只機構所在地利益的原則，實行“統一計算，分級管理，就地預繳，匯總清算，財政調撥”的處理辦法。

統一計算：總機構統一計算包括匯總納稅企業所屬各個不具有法人資格分支機構在內的全部應納稅所得額，應納稅額。

分級管理：總分支機構分別接受機構所在地主管稅務機關的管理。

就地預繳：總機構，分支機構應按月或季向機構所在地稅務機關進行預繳所得稅。

總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構就地預繳企業所得稅，三級及三級以下的分支機構，其營業收入、職工薪酬和資產總額等統一并入二級分支機構計算。

注意：這些情況不適用以上規則，①按照現行財政體制的規定，國有郵政、國有銀行、中石油、中海油等企業總分支機構繳納的企業所得稅為中央收入，全額上繳國庫；②當面新設立的分支機構第二年起參與分攤，當年撤銷的分支機構自辦理注銷稅務登記之日不參與分攤。

具體計算：總機構分攤稅款=匯總納稅企業當期應納所得稅稅額*50%;

所有分支機構分攤的稅款=匯總納稅企業當期應納所得稅稅額*50%;

某分支機構分攤的稅款=所有分支機構分攤的稅款*該分支機構分攤比例；

某分支機構分攤比例=（該分支機構營業收入/各分支機構營業收入總額）*0.35 （該分支機構職工薪酬/各分支機構職工薪酬之和）*0.35 （該分支機構資產總額/各分支機構資產總額之和）*0.3

總機構分攤的稅款一半（匯總納稅企業當期應納所得稅稅額的25%）實行就地預繳，就地辦理繳庫，所繳納稅款收入由中央，地方按照60:40分享；剩余一半就地全額繳入中央國庫，所繳納稅款收入60%為中央收入，40%按照一定的比例分配到各省市。

匯總清算：年度終了之日5個月內，總機構統一計算匯總繳納的企業所得稅，扣除總結構，分支機構預繳的稅款，多退少補。對于匯總計算之后，應交或應退的稅款，計算出總額，按照分攤比例分攤到總機構和分支機構，分別就地辦理應交或應退稅款。

財政調撥：財政定期將繳入中央國庫的匯總納稅企業所得稅待分配收入，按照核定的系數調整至地方國庫。

四、總分會機構員工個人所得稅代扣代繳

根據個人所得稅相關規定，對所得的支付和支付金額有決定權的單位和個人，即為扣繳義務人。

所以，如果分公司自行獨立發放員工工資，那么分公司就是個人所得稅的代扣代繳義務人；如果由總公司統一結算各分支機構員工工資，那么總公司就是個稅代扣代繳義務人。

五、印花稅

印花稅屬于行為稅，于應納稅憑證書立或領受時就地納稅，注意印花稅屬于雙向繳稅，注意集團內部分支機構之間簽訂的具有合同性質的購銷，也需要按照購銷合同金額的萬分之三稅率繳納印花稅，雙方都需要繳納。

六、土地使用稅，耕地占用稅，房產稅等原地方稅

對于土地使用稅，耕地占用稅，房產稅等地方稅按照各自的規定，由總分支機構分別申報納稅。

總分支機構不同稅種，企業所得稅算是比較復雜的，需要總分支機構進行分攤，注意分攤比例的計算，各分支機構之間的分攤比例，主要考慮營業收入，工資總額和資產總額。