企業(yè)為員工報銷醫(yī)藥費是否可以在福利費中列支，進行稅前扣除需要視情而定，具體看企業(yè)是否已經實現醫(yī)療統(tǒng)籌，即是否為員工辦理了社保。

根據《國家稅務總局關于企業(yè)工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函【2009】3號）規(guī)定：企業(yè)職工福利費包括企業(yè)向職工衛(wèi)生保健、生活、住房、交通等所發(fā)放的各種補貼和非貨幣性福利，包括企業(yè)向職工發(fā)放的因公外地就醫(yī)費用、未實現醫(yī)療統(tǒng)籌企業(yè)職工醫(yī)療費用、職工供養(yǎng)直系親屬醫(yī)療補貼、供暖費補貼、職工防暑降溫費、職工困難補貼、救濟費、職工食堂經費補貼、職工交通補貼等。

所以對于未實現醫(yī)療統(tǒng)籌企業(yè)為職工報銷的醫(yī)藥費，是可以在職工福利費中稅前列支，并在計算應納稅所得額時準予扣除。

但是如果企業(yè)實現了醫(yī)療統(tǒng)籌，為職工購買了醫(yī)療保險，那么職工需要先進行醫(yī)保報銷，超過醫(yī)保報銷比例的部分，如果公司愿意替員工報銷，那么這部分是不得在福利費中列支的，同時不得在企業(yè)所得稅前扣除的。如果企業(yè)想要稅前扣除，可以將其確認為職工的工資薪金，比如以獎金，額外補貼等名義發(fā)放，此時需要并入員工的工資薪金所得，并為其代扣代繳個人所得稅。(www.ws46.cOm)

如果企業(yè)已經實現醫(yī)療統(tǒng)籌，但是仍然為職工報銷醫(yī)藥費，并計入福利費稅前扣除了，則企業(yè)將面臨補稅，加收滯納金，罰款的風險。