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科學家發現純數學與遺傳學之間存在驚人的聯系

發布時間:2025-10-22閱讀(4)

我們知道,生物體的基因型是由DNA序列組成的,而表型是由基因型所編碼的特征,比如眼睛的顏色、身體的形狀或者蛋白質的結構。基因型和表型之間的關系被稱為基因型-表型映射(GP映射),它是生物進化的核心機制之一。GP映射決定了一個生物體在面對突變時能否保持其表型不變,或者能否產生新的表型變異的能力。這種能力被稱為突變穩健性,它是衡量GP映射質量的一個重要指標。

突變穩健性可以分為兩種:基因型穩健性和表型穩健性。基因型穩健性是指一個給定的基因型在發生突變后仍然保持相同的表型的概率。表型穩健性則是指所有映射到一個給定表型的基因型的平均基因型穩健性。表型穩健性反映了一個表型在GP映射中所占據的空間大小,也就是說,它反映了一個表型有多少個不同的基因型可以實現。表型穩健性越高,意味著一個表型越容易在進化過程中被發現和保留,也越容易在中性漂變中探索新的表型變異。

那么,什么樣的GP映射可以使表型穩健性達到最大呢?這個問題并不容易回答,因為GP映射有很多種可能的形式和復雜度。為了簡化問題,我們可以考慮一些理想化的模型,比如二進制字符串作為基因型,而某些離散值作為表型。這樣,我們就可以用數學和計算機科學的工具來分析和模擬GP映射。

在最近發表的一篇論文中,作者使用了編碼理論和數論的一些結果,來證明了一個非常有趣和美麗的定理:在二進制字符串上定義的GP映射中,當且僅當基因型被組織成磚瓦圖(bricklayer’s graphs)時,表型穩健性才能達到最大值。磚瓦圖是一種特殊的哈明圖(Hamming graph),它類似于砌墻工人如何填充一個哈明圖。哈明圖是一種用來表示二進制字符串之間距離的圖形結構。磚瓦圖是哈明圖中一種具有高度對稱性和規則性的子圖,它可以用一種遞歸的方式來構造。

作者還給出了這個最大值是多少,并且發現它是由一個分形函數給出的,這個函數叫做布朗芒函數(blancmange function),也叫做數字和函數(sums-of-digits function)。這個函數是連續但無處可導,它的性質非常奇妙,可以用來描述一些自然界中的現象,比如山脈的輪廓或者海岸線的長度。

更令人驚訝的是,作者發現了一些真實的GP映射,比如RNA二級結構和HP模型的蛋白質折疊,它們的表型穩健性竟然恰好等于這個理論上的最大值!這說明了這些GP映射具有非常高的優化程度,也說明了這個理論結果在生物學上具有重要的意義。

作者還探討了當表型被粗粒化時,表型穩健性會如何變化,并且推導出了一個公式和一些界限,來描述不同粒度的表型之間的轉換概率。粗粒化是指將一些細節相似或者功能相似的表型合并成一個更大的表型類別,這樣可以簡化GP映射的復雜度,也可以揭示一些更高層次的規律。

總之,這篇論文展示了一個非常優美和深刻的結果,它將數學、物理、計算機和生物學等多個領域的知識和方法結合起來,揭示了GP映射中的一個普遍性質。它不僅提供了一個理解和評估GP映射質量的工具,也為進一步探索GP映射中的其他特征和規律提供了啟發和靈感。

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