沙果林那穆吉林嶺東端的扎來掌。南東東流經木里盆地、江倉盆地、默勒盆地、門源盆地，在門源縣克圖以下逐漸轉南東流，再轉南流至民和縣享堂與湟水匯合。大通河在默勒鄉以上主要流經草原沼澤地帶，河道較為順直，河面較寬闊。默勒盆地與門源盆地之間流經山區時河道曲折，河床較窄，至門源盆地河道較寬，多分流，多心灘，河床最寬可達2000米左右。門源以下主要流經山區，河水下切強烈，深度多在200-300米，峽谷較多，峽谷最窄處河床僅20-30米。大通河從源頭到匯入湟水，除下游一小段流經甘肅連城，紅古地區外均在青海境內。干流先后流經天峻、剛察、祁連、門源、互助、民和6個縣。先后匯入支流百余條，其中河道長度大于50公里的有永安河，其他支流均較短。干流和支流以羽狀水系為主。