光學顯微鏡下能夠看到的細胞器有線粒體、葉綠體、液泡、核仁等大小超過0.2微米的結構。光學顯微鏡是利用光學原理，把人眼所不能分辨的微小物體放大成像，以供提取微細結構信息的光學儀器，普通光學顯微鏡看不到1納米。