在西藏，藏傳佛教的政教弊病逐一展現，如攝政勢強問題、班禪額爾德尼的親屬和近侍參政問題、不同教派勢力跨地區發展問題、噶倫與俗官把持地方軍政等問題，并最終引發了兩次廓爾喀戰役。

由于蒙古和西藏僧侶貴族和王公貴族聯系密切，乾隆五十八年蒙古和西藏都因私指呼畢勒罕的弊端產生動蕩。又因面臨清俄通商后新的邊界形勢，英國對開放東南沿海貿易的覬覦以及對喜馬拉雅山南麓部落的侵入，以及喀爾喀蒙古內部政教平衡勢力的打破，乾隆帝由此決定大力整頓藏傳佛教，實行金瓶掣簽制度。

同時伯克制使得乾隆帝注意到了駐藏大臣的軍隊管控、官吏流動任職、規范薪俸，防止駐藏大臣與地方貴族勢力勾結的問題。但與軍府制以及大屯田、筑城的配套建設不同，西**特的政教混合體制與封閉地理環境使得布置大規模、長時間、長防線的軍隊明顯成本高昂且效果不佳。因此西藏的駐防在回疆的影響下變為南線重點關卡防御。

設立常備藏軍以及每年春秋兩季前后藏巡查的制度。因此《欽定藏內善后章程二十九條》頒布后，確保了駐藏大臣同班禪額爾德尼的平等地位與全面掌控的權力。由于松筠任職庫倫辦事大臣的對俄商貿以及護送英國使者的對外交涉經驗，使得松筠在任期間西藏對外交涉的權力得以應用并回收到駐藏大臣身上。

這一時期的駐藏大臣辦事權限由于受廓爾喀戰役期間駐藏大臣事權不一的缺陷，已經從監督藏政擴大到管理西藏內部政教事務的程度。在駐藏大臣的選任方面，由于西北兩路駐防辦事大臣體系的完備，除了原有的特簡任命外，駐藏大臣的選任還被列入軍機處開列名單內。此外，由于乾隆末年黨爭、和珅把控內外軍政以及內外廷老齡化嚴重的前提下，軍機大臣和珅與大將軍福康安因戰時用人緊急，分別具有了保舉和題補駐藏大臣選任的權力。

在駐藏大臣的選任來源方面，親密度、熟悉度以及軍政事務能力成為主要評價標準，因此從長期來看，各部院堂官與地方藩臬道臺則因為文書與政務經驗豐富的優勢也很容易獲得皇帝矚目。京內外八旗高級武官則因為出身尊貴、地位較高、與皇帝接觸密切的特點也一直受皇帝信任。從短期來看，由部院侍郎與頭等侍衛者擔任副都統者成為最主要來源，軍機章京與理藩院堂官則因民族事務經驗豐富的優勢也是皇帝優先考慮的人選來源。

從選任部門來看，軍機處負責開列與引見、內閣負責議政與承旨書諭，吏部負責議復重要折本與提供引見的履歷名單、題本議敘與官職品級升降。從任職機制來看，由于駐藏大臣分居沖賽康和甘丹康薩新舊兩處衙門。沒有區分正副，因此經常出現掣肘與推諉事項的情況。

從蒙古文檔案的印記上可以看出，至少從1754年8月就已開始使用專門的駐藏大臣關防，并且在駐藏大臣關防的職掌方面應當也已有所區分，但目前漢文史料僅能見到1780年的有關記載。1789年1月乾隆帝諭令駐藏大臣需共同駐防辦理藏務。

1791年因廓爾喀戰役期間軍事統馭的考慮，正式區分駐藏辦事大臣和駐藏幫辦大臣。并因加強后藏防務需要，試圖改為分駐前后藏。在遭到福康安的異議后，駐藏大臣正副二人仍駐前藏，改為每年定期往后藏巡視以彌補駐藏大臣對后藏監管力度的不足。在議敘與薦舉制度方面，由于廓爾喀戰役原因，部分地方督撫、協辦大學士、軍機大臣、部院侍郎或副都統者，得以賜銜與授官。在此授官基礎上，再由正一品或正二品的地方總督、都統與副都統、部院尚書、參贊大臣、駐藏幫辦大臣補授帶副都統銜（正二品）的駐藏大臣。

在監察制度方面，內部駐藏大臣之間的監察仍然是主要途徑，外部監察主要為赴藏大將軍、欽差大臣或者四川督撫兼督察院右（副）都御史者。在處分與開復機制方面，無論是罰俸、降級留任或調用還是革職，大部分都可以效力贖罪以迅速開復，因此懲罰的威懾力并不大。就該階段駐藏大臣的任職效果而言，駐藏大臣雖然開始了掌控西藏政教事務的嘗試并不斷進行完善，但是駐藏大臣本身素質的參差不一與皇帝對西藏事務的參與度也對西藏事務的處理產生很大影響。駐藏大臣事權過大而監督制度不完善則可能加速官員貪腐進而威脅蒙藏地區統治，駐藏大臣事權過小又不足以鎮守西藏和保護宗教。

乾隆末年至嘉慶初年的駐藏大臣體制無論是從選任還是任職方面，在政教體制管理、軍事布防以及民生保障方面可以說在藩部駐防辦事大臣體系中達到了較高的辦事大臣的水平。但駐藏大臣體制改革仍然是以維持政教合一制為前提的改革，無法徹底根除貴族體制與農奴制的制約，后續攝政擅權與駐藏大臣和噶倫等同流合污者亦不在少數，仍具有一定的滯后性。

至于道光末年的琦善任職時期，雖然駐藏大臣的財政監管權與部分兵權有所下降，但其整體權力仍是呈現擴張傾向的，尤其是針對威高權重的攝政所做的限制措施，為后世清朝推行新政奠定了權力基礎。自琦善之后的西藏地方管理，則因帝國主義在沿海與內地的殖民侵略逐漸加劇，加之國內民間反清教派興起，清政府對西藏的管理逐漸松懈，駐藏大臣的選任也因良莠不齊激化了固有的矛盾，西藏權力長期集中于少數僧俗大貴族手中。因此這種此舉國內外交困的處境下，駐藏大臣的權威呈現下降趨勢，至清末新政前無大體改變。

從清高層的評價與選任標準來看，首先，同清朝整體的官僚任用體系中的首崇滿洲與旗人特權觀念的意識形態相一致，駐藏大臣的選任也主要以八旗滿蒙旗人為主。在輿論控制上，注意加恩外戚與后族避嫌以平衡宗室王公內部（上三旗與下五旗、入八分與不入八分）與民間輿論（外戚專權）的系列說辭。摘自: www.ws46.com

其次，在面臨內廷軍機處與外廷部院重臣老齡化嚴重的前提下，皇帝只能優先任用八旗貴族世家出身的大臣或軍功崛起的外戚，以及像和珅般的親密內臣。這就導致一種官僚任用悖論，官僚任用的信息搜集與篩選逐漸被少部分人或群體控制，以致皇帝在進行選任判斷與抉擇時，看似是政由己出，然而其官僚運行與政務信息已被不同程度地影響或控制。最典型的莫過于和珅干預政務期間，通過把控軍機處、內閣以及部院衙門，壓擱題本、預先閱奏折并給予評語，甚至匿壓待引見官員名單。

在此情況下，決不能低估和珅以及福康安在廓爾喀戰役期間對駐藏大臣選任的干擾與控制。再者，風險成本（年齡與任務完成度）、效率原則（信息篩選與抉擇時間）、國家本位（機密事務與公文寫作）、君主本位（宗教信仰與瞻禮）以及平衡原則（回避原則）也是皇帝考量駐藏大臣選任的重要因素。綜合以上來看，清代乾嘉更替之際駐藏大臣的選任機制體現出藩部一體化、決策精英化與選任壟斷化、藏傳佛教宮廷化（君主化佛教）、以及欽差型文職的藩部多民族統合策略的特點。