因為學校沒有實力強悍的醫學院加盟組建，所以后來被下放到地方，更名為南方醫科大學，已經不是軍隊院校，如果把第一軍醫大學下放地方，就可以不受軍隊院校的一些限制，從而招攬一些更為優秀的生源和師資，以此來適應國家對現代復合型高素質軍事人才培養的需要。

而且由于軍隊院校的辦學規模還非常大，需要減少院校數量，單純依靠自己培養軍事人才的“小而全”式軍隊辦學模式，越來越不適應現代復合型高素質軍事人才培養的需要，我軍采取在地方高校招收、選拔國防生、直接接收入伍、軍地院校軍事人才等方式，對依托國民教育培養軍事人才作了有益的探索，地處改革開放前沿的第一軍醫大學，這次充當了全軍編制體制調整改革的試點。

第一軍醫大學在1953年更名為中國人民**第十一軍醫中學，在1956年成為總后勤部直屬院校，1958年劃歸為黑龍江省更名為齊齊哈爾醫學院，1962年重歸為軍隊，1969遷入長沙，1970年遷入廣東，1975年更名為中國人民**第一軍醫大學，2004年劃歸為廣東主管，并更名為南方醫科大學。

2015年，學校成為廣東省人民政府、國家衛生計生委和教育部共建高校，同年入選廣東省高水平大學重點建設高校，學校秉持“博學篤行，尚德濟世”的校訓，繼承和發揚“誠信務實、自強不息、敢為人先、追求卓越”的大學精神，致力于建設國內一流、國際上有影響的醫科大學。