消化氣中H2S濃度的范圍為150～3000cm3/m3或更高，這取決于污泥組成。消化氣中的H2S是由消化池中的厭氧微生物還原硫酸鹽形成的，對消化氣進行凈化，除去H2S對減少鍋爐和其他設備的腐蝕是必需的。H2S也是一種有毒空氣污染物，并具有惡臭，燃燒含高濃度H2S的消化氣，會導致空氣污染。因此，必須去除H2S，使燃燒后的煙氣達到空氣質量標準。

洗滌法是除去消化氣中H2S的常用方法之一。除了去除H2S外，有些洗滌技術還能減少消化氣中CO2含量，產生高質量的消化氣。洗滌消化氣的設備稱為洗滌塔，它分為干式和濕式兩種。有多種化學藥劑可用于洗滌塔中，以除去H2S，在常用的干式洗滌塔中一般裝填有飽和Fe2O3的木片，俗稱“海綿鐵”。H2S與Fe2O3反應生成元素Fe、元素S和H2O，通過除去硫并把Fe氧化成Fe2O3，海綿鐵即得到了再生，不過在對海綿鐵進行再生時，Fe的氧化速度不能太快，否則可能會引起自燃。海綿鐵法主要用于需要處理的氣體量相對較小的場合。

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在濕式洗滌塔中一般用堿性液體來吸收H2S，吸收液中可以加入一種化學氧化劑來減小吸收劑的處置問題，并延長使用壽命。最常用的氧化劑是次氯酸鈉，其次是高錳酸鉀。消化氣通過噴嘴或擴散板（后者需要定期清洗）進入洗滌塔的底部，與吸收劑逆流接觸，然后從塔頂排出。離開洗滌塔的消化氣，濕度很高，需要冷凝除去水分。對低壓消化氣來說，濕式洗滌塔所造成的壓頭損失很大，因此，常常需要在消化氣進入洗滌塔之前，對它進行壓縮。

作為氣體洗滌的替代方法，有些工廠直接把鐵鹽加到消化池中，Fe2 與H2S反應生成不溶性FeS。但應避免把鐵鹽加到熱的污泥管中，因為這可能會導致污泥管內很快結垢（形成藍鐵礦）。另外使用鐵鹽可能會使消化池內堿度下降，必須仔細監測和控制鐵鹽的濃度和加入量，避免消化池內pH值降低。