（1）丙酸

丙酸是厭氧生物處理過程中一個重要的中間產(chǎn)物。有研究指出，在城市污水處理剩余污泥的厭氧消化中，系統(tǒng)甲烷產(chǎn)量的35%是由丙酸轉(zhuǎn)化而來。同其他的中間產(chǎn)物（如丁酸、乙酸等）相比，丙酸向甲烷的轉(zhuǎn)化速率是最慢的，有時丙酸向甲烷的轉(zhuǎn)化過程限制了整個系統(tǒng)的產(chǎn)甲烷速率。丙酸的積累會導致系統(tǒng)產(chǎn)氣量的下降，這通常是系統(tǒng)失衡的標志。

研究表明，通過加入苯酚造成系統(tǒng)中丙酸濃度增加（苯酚厭氧降解產(chǎn)生丙酸）時，丙酸濃度最高積累至2750mg/L，同時pH值低于6.5，在此條件下未觀察到對底物葡萄糖產(chǎn)甲烷的抑制作用，因此有人認為，丙酸的高濃度并不意味著厭氧消化系統(tǒng)的失衡。從以上的分析可以看出，系統(tǒng)失衡時常常伴隨著丙酸的積累，但是丙酸積累可能只是系統(tǒng)失衡的結(jié)果，并不是原因。

控制厭氧消化系統(tǒng)中的丙酸積累，應(yīng)當從減少丙酸產(chǎn)生和促進丙酸轉(zhuǎn)化兩方面控制。首先，可以采用兩相厭氧消化工藝，通過相分離可以有效地為兩類微生物提供優(yōu)化的環(huán)境條件。通過控制產(chǎn)酸相的pH值從而抑制丙酸的產(chǎn)生，在產(chǎn)甲烷相中，由于較低的氫分壓以及產(chǎn)甲烷菌的存在，丙酸被有效轉(zhuǎn)化，從而提高反應(yīng)器效率和系統(tǒng)穩(wěn)定性。

（2）揮發(fā)性脂肪酸

揮發(fā)性脂肪酸是厭氧消化過程中重要的中間產(chǎn)物。厭氧消化過程中，負荷的急劇變化、溫度的波動、營養(yǎng)物質(zhì)的缺乏等均會造成揮發(fā)性酸的積累，從而抑制產(chǎn)甲烷菌的生長。在正常運行的中溫消化池中，揮發(fā)性脂肪酸質(zhì)量濃度一般在200～300mg/L之間。對于揮發(fā)性脂肪酸是否是毒性物質(zhì)，行業(yè)內(nèi)一直存在爭議。部分研究人員認為，當有機酸濃度超過2000mg/L時就對厭氧消化不利。而麥卡蒂等則認為，在pH值正常的情況下產(chǎn)甲烷菌能夠忍受高達6000mg/L的有機酸濃度。

（3）氧化還原電位

厭氧環(huán)境是厭氧消化過程正常進行的最基本條件。厭氧環(huán)境的主要標志是厭氧消化液具有較低的氧化還原電位（oxidation reduction potential，ORP），其值應(yīng)為負值。

不同的厭氧消化系統(tǒng)和厭氧微生物對ORP的要求并不相同。研究表明，高溫厭氧消化系統(tǒng)適宜的氧化還原電位為-600～-500mV；而中溫厭氧消化系統(tǒng)及浮動溫度厭氧消化系統(tǒng)的氧化還原電位應(yīng)低于-380～-300mV。不同厭氧微生物對ORP的要求也不同，產(chǎn)甲烷菌對氧化還原電位的要求嚴格，要求氧化還原電位為-350mV或更低；而產(chǎn)酸菌對氧化還原電位的要求不嚴格，甚至可以在-100～100mV的兼性條件下生長繁殖。