在厭氧消化過(guò)程中，水解菌與產(chǎn)酸菌對(duì)pH值有較大范圍的適應(yīng)性，可以在pH值為5.0～8.5范圍生長(zhǎng)良好。

而產(chǎn)甲烷菌對(duì)pH值的變化較敏感，應(yīng)維持在6.5～7.8范圍內(nèi)，最宜pH值范圍是7.0～7.3，pH值發(fā)生較大變化時(shí)，會(huì)引起細(xì)菌活力的明顯下降。

由于產(chǎn)甲烷菌和非產(chǎn)甲烷菌對(duì)pH值的不同適應(yīng)性，應(yīng)特別注意反應(yīng)器內(nèi)pH值的控制，若pH值變化幅度過(guò)大會(huì)導(dǎo)致反應(yīng)器內(nèi)有機(jī)酸的積累、酸堿平衡失調(diào)，這將使產(chǎn)甲烷菌的活性受到更大抑制，最終導(dǎo)致反應(yīng)器的運(yùn)行失敗。

在傳統(tǒng)厭氧系統(tǒng)中，通常維持一定的pH值，使其不限制產(chǎn)甲烷菌生長(zhǎng)，并阻止產(chǎn)酸菌（可引起揮發(fā)性脂肪酸累積）占優(yōu)勢(shì)。

因此，必須使反應(yīng)器內(nèi)的反應(yīng)物能夠提供足夠的緩沖能力來(lái)中和任何可能的揮發(fā)性脂肪酸積累，這樣就阻止了在傳統(tǒng)厭氧消化過(guò)程中局部酸化區(qū)域的形成。而在兩相厭氧系統(tǒng)中，各相可以調(diào)控不同的pH值，使產(chǎn)酸過(guò)程和產(chǎn)甲烷過(guò)程分別在最佳的條件下進(jìn)行。

消化液的堿度通常由其中氨氮的含量決定，它能中和酸而使消化液保持適宜的pH值。在消化系統(tǒng)中，NH3和CO2反應(yīng)生成NH4HCO3，使消化液具有一定的緩沖能力，一定范圍內(nèi)避免了pH值的突然降低。

緩沖劑是在有機(jī)物分解過(guò)程中產(chǎn)生的，消化液中有H2CO3、氨（NH3和NH4 ）和NH4HCO3存在，HCO3-和H2CO3組成緩沖溶液。該緩沖溶液一般以碳酸鹽的總堿度計(jì)。當(dāng)溶液中脂肪酸濃度在一定范圍內(nèi)變化時(shí)，不足以導(dǎo)致pH值變化。在消化系統(tǒng)中，應(yīng)保持堿度在2000mg/L以上，使其有足夠的緩沖能力。在消化系統(tǒng)管理過(guò)程中，應(yīng)經(jīng)常測(cè)定堿度。

氨有一定的毒性，一般以不超過(guò)1000mg/L為宜。氨的存在形式有NH3和NH4 ，兩者的平衡濃度決定于pH值。當(dāng)pH值降低時(shí)，NH3解離為NH4 ，NH4 濃度超過(guò)150mg/L時(shí)，消化過(guò)程一般受到抑制。