由于微生物絮凝劑的獨特優越性，今后由它取代傳統的絮凝劑是一個技術可行和環境友好的發展趨勢。但國內外對該技術的研究總體水平仍較低，要實現其工業化利用，還需要攻克一系列制約性的技術難題。具體來說，今后仍需進行深入研究的內容主要集中在以下方面。

①加強對微生物絮凝劑種類、結構、成分、理化特性、作用機理與適用范圍等方面的基礎性研究，并探索其最佳應用條件。

②自然界的微生物很多，根據目前的方法，從中找出能生產絮凝劑的菌種較為困難，效率很低，因此研究高效的尋找、篩選并確定絮凝劑產生菌的方法勢在必行。

③從現代分子生物學的角度明確微生物絮凝劑的遺傳基因，并進行微生物絮凝劑的基因控制與表達、絮凝質粒的提取與組合研究，探索用基因工程技術生產微生物絮凝劑的方法。

④微生物絮凝劑的生產成本主要由微生物培養基的成本來決定，而目前微生物培養基的成本普遍較高。因此，今后該領域的一項重要工作就是尋找、開發低成本的微生物絮凝劑培養基，并加強對低生產費用的微生物絮凝劑的研究開發，提高微生物絮凝劑生產率，為實現大規模工業化生產奠定基礎。

⑤改善其絮凝性能，開展對其用途的研究，拓寬其應用領域的范圍，促進其在各種類型的污水及污泥處理中的應用推廣。

盡管微生物絮凝劑存在種種不足，但作為一種具有多項優點的新型污泥調理技術，微生物絮凝調理技術的發展潛力和市場應用前景將十分廣闊。