1、形態(tài)特征不同：小家鼠體型小，上頜門齒內側，從側面看有一明顯的缺刻。毛色變化很大，背毛由灰褐色至黑灰色，腹毛由純白到灰黃。而褐家鼠背毛棕褐色或灰褐色，背部自頭頂至尾端中央有一些黑色長毛，故中央顏色較暗。2、棲息環(huán)境不同：小家鼠主要棲息與活動在人類干擾較大的居民生活區(qū)及其附近區(qū)域。而褐家鼠主要棲居于人的住房和各類建筑物中，特別是在牲畜圈棚、倉庫、食堂、屠宰場等處數量最多。3、食性不同：小家鼠主要以植物性食物為主，尤其喜好面粉及面制食品。而褐家鼠為雜食性動物。食譜廣而雜，幾乎所有的食物，以及飼料、工業(yè)用油乃至某些潤滑油，甚至垃圾、蠟燭、肥皂等都可作為它的食物。