1、重量不同：馬芬蛋糕厚重，紙杯蛋糕輕盈。2、外觀不同：馬芬蛋糕堅實，紙杯蛋糕精致。3、制作材料不同：馬芬蛋糕制作材料有低筋面粉120g、色拉油120g、泡打粉4g、可可粉10g、牛奶40g、雞蛋2個、白糖120g、杏仁片適量。紙杯蛋糕制作材料有低粉96克、色拉油60ml、橘子水40ml、泡打粉5克、玉米淀粉8克、雞蛋5個、白糖（蛋黃糊里）20克、白糖（蛋白里的）70克、動物性淡奶油200克。4、口味不同：馬芬蛋糕常加入堅果燕麥，紙杯蛋糕注重奶油的變化。