在昆山腔的發展中魏良輔對其進行了改良。昆曲史上最重大的事就是魏良輔對昆山腔的改造。明代嘉靖年間，魏良輔跟昆曲關系最重大的事有兩件：一件是嘉靖二十六年或二十二年寫了一本研究昆山腔改造的著作《南詞引正》；一件是嘉靖三十九年前后，魏良輔創造了水磨調的唱法，而且使水磨調的唱法成為昆山腔的正宗。經改革的昆山新腔更是柔美婉轉、清俊溫潤。魏良輔與張野塘也改良了北曲昆唱，即用昆腔唱北曲須唱的字清腔勁。在當時，魏良輔昆腔的唱法在流傳的過程中也有稍稍的變化，形成了昆山、蘇州、無錫三派，各具風格。