南山別院是三亞南山文化旅游區里最早的寺廟建筑，于1993年建成。南山功德基金會的所在地。1996年，為促進中外佛教文化的交流，加強佛教界的友好合作，廣結善緣，弘宣佛法，南山功德基金會成立，基金會將募集資金以利于建設南山寺和佛門的善行。

祖師、羅漢、菩薩、佛陀同登寶殿，善女、信男、達官、縉士共建迦藍。這幅楹聯由南山寺已圓寂的住持圓湛大和尚和慧莊法師聯句。圓湛大和尚曾任中佛協常務理事、中國佛學院棲霞分院副院長，佛學造諧很深，工書能詩，多才多識。這幅楹聯由三亞市委原副書記、南山管委會首任主任潘家君先生所書。

2009年，南山寺為南山別院尼眾道場，舉行灑浄儀式。南山寺首座智法法師與光善法師在南山別院大雄寶殿主禮了灑凈儀式。南山寺70多名僧尼參加了儀式。啟建尼眾道場是為了更好的完善佛教的四眾道場，在三亞市宗教局批準同意和時任南山寺方丈新成法師支持下而得以建成。

南山寺別院大雄寶殿的楹聯:三覺圓，萬德具，四生六道為慈父;五住盡，二死亡，九地十輪作導師。

這幅楹聯也是“嵌數聯”，由南山寺原住持圓湛大和尚撰并書。上聯中的“三覺”指自覺、覺他、覺行圓滿;“萬德”謂在一佛的名字上具有萬種之德;“四生”指胎生、卵生、濕生、化生;“六道”指天、人、阿修羅、畜生、餓鬼、地獄。下聯中的“五住”指五種煩惱即三界的見惑、欲界的思惑、色界的思惑、無色界的思惑、無明住地惑;“二死”指分段生死與變易生死;“九地”又名九有，三界共有九地;“十輪”即如來的十力。

南山別院里供奉著釋迦牟尼佛、觀音菩薩、地藏王菩薩。

這里，市民游客都稱為南山“老廟”，特靈驗。

南山別院里供奉著釋迦牟尼佛

南山別院里供奉著釋迦牟尼佛

南山別院里供奉著釋迦牟尼佛、觀音菩薩、地藏王菩薩。

這里還設有搖簽處，不少游客專門過來求上一靈簽。

還有一種說法，這里的“別”字是臨時的意思。

南山別院里供奉著釋迦牟尼佛、觀音菩薩、地藏王菩薩。

南山別院里供奉著釋迦牟尼佛、觀音菩薩、地藏王菩薩。

南山別院入門口處的大肚彌勒佛。這