企業進口貨物需要繳納進口環節增值稅，由海關代收，并取得海關進口增值稅專用繳款書，簡稱完稅憑證，完稅憑證可以作為有效的進項稅額抵扣憑證，抵扣增值稅。但是具體能不能抵扣，還要看業務的實質，如果企業進口貨物用于不得抵扣進項的情形，則進口增值稅不得抵稅；除了不得抵扣進項稅額的情形，其他均可以抵扣增值稅。

對于一般納稅人而言，企業需要繳納的增值稅稅額為企業發生應稅行為取得的銷項稅額扣除可以抵扣的進項稅額后的金額，即應納稅額=銷項稅額-進項稅額=不含稅銷售額×適用稅率-進項稅額

企業取得的海關進口增值稅專用繳款書，屬于有效的進項稅額抵扣憑證，所以憑證沒有問題，主要看企業進口貨物的用途。

如果企業進口相關商品、勞務、服務用于簡易計稅項目（增值稅抵扣鏈條中斷）、免征增值稅項目（對應銷項稅額為0，進項稅額再抵扣相當于國家承擔了稅款）、集體福利或則個人銷售（企業屬于最終消費者，需要承擔以上環節的增值稅）以及非正常損失的，則進口增值稅不得抵扣。如果企業賬務上已經抵扣認證，需要做進項稅額轉出處理。

借：相關成本費用

貸：應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）

除了以上不得抵扣增值稅的情況下，企業進口環節繳納的增值稅均可以作為進項稅額，抵扣增值稅。企業進口貨物時：

借：庫存商品/原材料等

應交稅費——應交增值稅（進項稅額）

貸：應付賬款/銀行存款等

進口環節增值稅以組成計稅價格為計稅依據，組成計稅價格=關稅完稅價格 關稅 消費稅（如涉及）。

進口環節增值稅應納稅額=組成計稅價格×適用稅率

小規模納稅人進口貨物同樣需要繳納進口增值稅，而且進口環節增值稅采用的是稅率，比如進口貨物，一般稅率為13%或9%（優惠），而不是征收率。

但是小規模納稅人進口繳納的增值稅不得抵扣，因為小規模納稅人計征增值稅采用的方法是簡易計稅方法，即應納稅額=不含稅銷售額×適用征收率，不存在進項稅額這一說法。

小規模納稅人進口貨物繳納的增值稅同國內采購相同，計入到了貨物的采購成本。

綜上可以看出，進口增值稅對于一般納稅人而言，只要不是用于不得抵扣進項的情況，均可以抵扣增值稅；而對于小規模納稅人而言，進口增值稅不得抵扣，進口增值稅計入采購貨物的入賬成本。