密封生態瓶的原理是生態瓶中的小石為微生物提供藏身處免被小魚所吃，為細菌提供生長地方，讓細菌能作為分解者分解生態系統之中的廢物。生態瓶是一個密封的生態系統，就像地球一樣，生態瓶中的小石代表地球的土地，有約三分二的水及三分一的空氣，生命為魚、藻、細菌，能量來源是陽光。