理論經濟學和應用經濟學的定義不同、研究方向不同、學科不同、主干課程不同、概念和特點不同、研究對象不同、研究方法的不同、作用不同。

定義不同

理論經濟學由經濟學基本概念、范疇與范疇體系組成的理論體系，包括一般的理論經濟學與特殊的理論經濟學。人類經濟學、科學經濟學是一般的理論經濟學，政治經濟學是特殊的理論經濟學。理論經濟學為分支經濟學提供理論基礎。

科學的理論經濟學是反映人類經濟發展的一般規律的經濟學理論，由經濟學公理、定理與定理體系組成。科學的理論經濟學不但有經濟學基礎理論，而且有經濟學基本原理。政治經濟學只有經濟學基礎理論，沒有真正的經濟學基本原理。政治經濟學分為宏觀經濟學與微觀經濟學;科學的理論經濟學是整體經濟學，是宏觀經濟學與微觀經濟學的統一。

應用經濟學主要指應用理論經濟學的基本原理研究國民經濟各個部門、各個專業領域的經濟活動和經濟關系的規律性，或對非經濟活動領域進行經濟效益、社會效益的分析而建立的各個經濟學科。

應用經濟學專業畢業的學生未來的職業主要集中在經濟政治和經濟規劃領域，不過也可能進入職業教育規劃、地區和組織規劃領域，會計和財政領域，統計部門，或者執行其他的管理職能。

研究方向不同

理論經濟學側重于經濟理論問題的研究，應用經濟學是側重于實際經濟應用的學科。

學科不同

理論經濟學中西方經濟學和政治經濟學是其主要學科，應用經濟學中金融學和國際貿易學是其主要學科。

主干課程不同

理論經濟學是和應用經濟學相對應而稱呼的，這是一級學科的區分。

理論經濟學具有6個二級學科：政治經濟學、經濟思想史、經濟史、西方經濟學、世界經濟以及人口資源與環境經濟學。

應用經濟學大體上可分為如下幾個分支：

以國民經濟個別部門的經濟活動為研究對象的學科，如農業經濟學、工業經濟學、建筑經濟學、運輸經濟學、商業經濟學等等。

以涉及國民經濟各個部門而帶有一定綜合性的專業經濟活動為研究對象的學科，如計劃經濟學、勞動經濟學、財政學、貨幣學、銀行學等等。

以地區性經濟活動為研究對象的學科，如城市經濟學、農村經濟學、區域經濟學(經濟地區規劃、生產力布局)等等。

以國際間的經濟活動為研究對象的學科，如國際經濟學及其分支：國際貿易學、國際金融學、國際投資學等等。

以企業經營管理活動為研究對象的學科，如企業管理、企業財務、會計學、市場(銷售)學等等。

與非經濟學科交叉聯結的邊緣經濟學科，如與人口學相交叉的人口經濟學;與教育學相交叉的教育經濟學;與法學相交叉的經濟法學;與醫藥衛生學相交叉的衛生經濟學;與生態學相交叉的生態經濟學或環境經濟學;與社會學相交叉的社會經濟學;與自然地理學相交叉的經濟地理學、國土經濟學、資源經濟學;與技術學相交叉的技術經濟學等等。

概念和特點不同

理論經濟學是經濟學的基礎學科，主要研究經濟現象的規律和原理，提出經濟學的理論框架和概念體系，以此來解釋和預測經濟現象的發展趨勢。其主要特點是抽象、概括和理論化。

應用經濟學是將理論經濟學的理論知識應用到實際經濟問題中，解決經濟實踐中的具體問題。其主要特點是具體、實用和應用性強。(www.Ws46.com)

研究對象不同

理論經濟學主要研究抽象的經濟現象和規律，如經濟增長、價格、供求關系等。而應用經濟學則關注于具體的經濟現象和問題，如財政政策、金融市場、產業結構等。

研究方法的不同

理論經濟學的研究方法主要是推理和演繹，通過邏輯推理來建立經濟學模型，進而解釋經濟現象。而應用經濟學則主要采用歸納和實證的方法，通過對實際數據的收集和分析，來驗證和檢驗經濟學理論。

作用不同

理論經濟學是為各個經濟學科提供基礎理論，這門學科是經濟學的基本概念和基本原理，發掘經濟運行和發展的基本規律。應用經濟學則是應用理論經濟學的基本原理研究國民經濟各個部門、各個專業領域的經濟活動和經濟關系的規律性。