我國重點治理的三湖是：1、太湖：中國五大淡水湖之一，孕育了繁榮發達的蘇南地區。到2017年，是太湖治污的第十個年頭，水質總體上已好于1997年以前的水平，并保持了穩中向好態勢。2、滇池：云南省最大的淡水湖，有高原明珠之稱。從上世紀90年代中期開始，在國家的支持下，云南省、昆明市一直在下大力氣不懈地治理滇池，已經取得了一定成效。3、巢湖：我國五大淡水湖之一，也是我國湖泊污染治理的重中之重，預計要到2035年時，巢湖的生態環境才會得到根本性的好轉。