部分蝙蝠是保護動物。例如普通蝙蝠已列入《世界自然保護聯盟》（IUCN）2008年瀕危物種紅色名錄。1996年世界自然保護聯盟物種生存委員會（IUCN/SSC）出版的《1996年受脅動物紅色名錄》中公布了蝙蝠（翼手目）動物受脅狀況。指出處于極危險（CR）種類有26種，瀕危（EN）有32種，易危（VN）有173種，總計231種，僅次于嚙齒類（330種）。中國已有記錄的蝙蝠（翼手目）中，有許多是特有種或稀有種，《中國瀕危動物紅皮書·獸類》中列入受威脅較大的蝙蝠有8種。